Die Landschaftsstation im Kreis Höxter betreut im Rahmen ihres Arbeits- und Maßnahmenplanes Schutzgebiete unterschiedlicher Kategorien im Kreis Höxter. Der fachliche und räumliche Umfang dieser Betreuung wird für jedes Jahr festgelegt in einem Arbeits- und Maßnahmenplan unter Federführung der Bezirksregierung (Obere Landschaftsbehörde) und Mitwirkung von Kreis Höxter (Untere Landschaftsbehörde) und  Land Nordrhein-Westfalen (Landesamt für Natur, Umwelt und Verbraucherschutz NRW - LANUV, Ministerium für Umwelt und Naturschutz, Landwirtschaft und Verbraucherschutz des Landes NRW - MUNLV). Der im Heft der "Beiträge zur Naturkunde zwischen Egge und Weser" des Folgejahres veröffentlichte Jahresbericht der Landschaftsstation berichtet über die  Betreuungstätigkeit des jeweils vergangenen Jahres.
Im Jahr 2008 betreute die Landschaftsstation 45 NSGe und FFH-Gebiete sowie 17 weitere Betreuungsgebiete, wobei die Betreuung in unterschiedlicher Kombination aus Artenschutz (Fauna/Flora), Nutzermanagement und Pflege durch den Landschaftspflegetrupp besteht.

Im Kreis Höxter existieren insgesamt 76 Naturschutzgebiete (NSG - davon 2 kreisgrenzenüberschreitend) und 44 FFH-Gebiete (der Fauna-Flora-Habitat-Richtlinie der EU - Richtlinie 92/43/EWG) sowie diverse geschützte Artvorkommen, deren Standorte nicht veröffentlicht werden dürfen. All diese Gebiete benötigen unterschiedlich viel, jeweils gebietsspezifische Betreuung. Auch wenn sich die meisten FFH-Gebiete mit NSGen überschneiden oder decken, können wegen Ressourcenknappheit weder alle Gebiete gleichzeitig betreut noch alle betreuten Gebiete gleich optimal betreut werden.

Zusätzlich zu den o.g. Schutzgebieten kümmert die Landschaftsstation sich noch um verschiedene Kleinflächen mit Vorkommen gefährdeter Arten, sowie - auf Vertragsbasis - um Naturschutz-Flächen diverser Eigentümer wie der Nordrhein-Westfalen-Stiftung, des Bundes oder des Landes NRW.