Die Geschichte des Steinernen Hauses ist eng mit dem Kloster Hardehausen verknüpft, deren Mönche das Haus von 1405 bis 1803 bewohnten. Sie trugen wesentlich zur Blütezeit Borgentreichs im 15. Jahrhundert bei.
Da mittelalterliche Klosterhöfe in Westfalen kaum noch erhalten sind, kommt dem Steinernen Haus eine besondere kulturhistorische Bedeutung zu. Verstärkt wird dies durch die Tatsache, dass das Gebäude den ältesten profanen Gewölbekeller im weiten Umkreis besitzt, dessen Entstehung auf das ausgehendes 12. Jahrhundert datiert wird.

Das Entstehungsdatum des Steinernen Hauses selbst ist nicht bekannt, da jedoch aus dem Jahre 1313 ein Brand überliefert ist, muss es zu diesem Zeitpunkt bereits bestanden haben. Nach der Säkularisierung 1803 ging das Kloster Hardehausen in den Besitz des preußischen Staates über, der das Steinerne Haus 1848 an die Stadt Borgentreich verkaufte.

Von 1920 bis 1952 diente das Gebäude als Schule und wurde danach einige Jahre als Wohnung genutzt. Seitdem stand das Haus leer! Ohne Nutzung drohten der Stadt weitere kostenintensive Maßnahmen, um den Verfall dieses geschichtsträchtigen Gebäudes aufzuhalten.

Ab 1995 bemühten sich die Bürgerinitiative Lebenswertes Bördeland und Diemeltal, der Warburger Architekt Klaus Schulz und später dann der Verein Landschaftsstation Diemel-Weser-Egge um die Nutzung des Gebäudes als Geschäftsstelle für eine Biologische Station im Kreis Höxter. Die intensiven Vorarbeiten hatten Erfolg, gemeinsam mit der Stadt Borgentreich konnte die Sanierung in Angriff genommen werden. Sie wurde ausschließlich durch Firmen "vor Ort" durchgeführt.

Seit Oktober 1999 wird das Steineren Haus als Geschäftsstelle von der Landschaftsstation, der Bürgerinitiative Lebenswertes Bördeland und Diemeltal und dem Aktionsbündnis "Tag der Regionen" genutzt.